Aan de noordzijde van de kathedraal is een uitzonderlijk goed bewaarde bodem aangetroffen, die voorafgaat aan de bouw van de eerste kerk, en zelfs aan het ontstaan van de stad Gent. Dat deze bodem bewaard is, en niet verstoord werd door de vele graven van het latere parochiekerkhof, is uniek. Door doorgedreven natuurwetenschappelijk onderzoek kon de evolutie van het landschap en de vegetatie vanaf de Nieuwe Steentijd (5.300-2.000 v. Chr.) tot de Romeinse periode (1ste -2de eeuw n. Chr.) gereconstrueerd worden én is het mogelijk de link te leggen met het ontstaan van de latere stad. Tegen het einde van de ijstijd (14.650-11.650 jaar geleden) ontwikkelde zich op en rond de plek gekend als de Zandberg een oerbos, dat zich duizenden jaren kon standhouden. Vanaf het eind van de Nieuwe Steentijd zijn er echter duidelijke aanwijzingen voor menselijke ingrepen en overexploitatie. Het bos werd gedeeltelijk gekapt en de vrijgemaakte grond kwam in gebruik als grasland, voor veeteelt. Mogelijk werd de bodem ook kortstondig bewerkt als akker. In de Bronstijd (2.100-800 v. Chr.) en de IJzertijd (800-57 v. Chr.) werd het landschap steeds opener door het verder rooien van bomen, voor de aanleg van meer grasland en akkers.
Vermoedelijk ergens in de IJzertijd werd het landschap in de loop van enkele dagen of weken echter begraven onder een dik pakket stuifzand, wellicht het gevolg van bodemerosie door te intensieve landbouw. Daarna was er gedurende een lange periode geen landbouw meer mogelijk. Als gevolg hiervan kon de natuurlijke vegetatie zich opnieuw ontwikkelen en ontstond een nieuwe bodem. Tegen de Romeinse periode werden op de locatie opnieuw gewassen geteeld, mogelijk gemaakt door intensieve bemesting. Hoe het landschap eruit zag en evolueerde tussen de Romeinse landbouwfase en de bouw van de eerste Sint-Janskerk, voor het eerst vermeld in de 10de eeuw, kon niet achterhaald worden. Bodempakketten uit die tijd waren niet meer bewaard. Het belang van de studie van de prestedelijke bodem en de vele toekomstige onderzoeksmogelijkheden kunnen moeilijk onderschat worden. Mogelijk is de opgravingsplek de enige locatie binnen het historisch centrum van Gent waar de bodemontwikkeling vanaf de prehistorie tot net vóór de prille stadswording van Gent kon onderzocht worden.
Vanaf de bouw van de eerste kerk, gewijd aan Sint-Jan, werd er druk begraven in en rond het gebouw. Het parochiekerkhof bleef acht eeuwen in gebruik tot het in 1796 werd opgegeven. Tijdens de opgraving kwamen in totaal 1057 goed bewaarde begravingen aan het licht. De oudste skeletten dateren uit de 11de -12de eeuw en lijken zich vooral aan de zuidzijde van de huidige kathedraal te bevinden. Tijdens de 10de -12de eeuw was Gent, na Parijs, de grootste en belangrijkste stad ten noorden van de Alpen. De mensen die in deze periode op het parochiekerkhof bijgezet zijn, behoorden dan ook tot de stedelijke top van Europa! Aan de noordzijde van de kathedraal werd het kerkhof pas aan het eind van de 13de eeuw in gebruik genomen.
Eén zone was in de eerste helft van de 15de eeuw gereserveerd voor pasgeboren baby’s en heel jonge kinderen. De aanleg van deze ‘kinderhoek’ ging samen met een ingrijpende herinrichting van het kerkhof, niet gekend uit de historische bronnen. In de 16de eeuw kromp het kerkhofareaal door de bouw van de gotische benedenkerk tot ongeveer de helft van zijn ‘oorspronkelijke’ oppervlakte in. Dit moet geleid hebben tot een grote druk op de kerkhofgrond, maar toch zijn in verschillende zones op het kerkhof na de 15de eeuw geen graven meer aangelegd. Wellicht waren deze ruimtes voorbehouden voor paden, terrassen, bloemperken, monumenten, etc. Opvallend is dat één op de vijf overledenen werd bijgezet in een gezamenlijk graf. Er konden zelfs acht echte ‘massagraven’ onderzocht worden.
De radiokoolstofdateringen tonen aan dat deze stammen uit de 15de eeuw, de tijd waarin de gebroeders Van Eyck het Lam Godsretabel schilderden. Merkwaardig genoeg vermelden de geschreven bronnen niets over massale sterfte in het 15de-eeuwse Gent. Het is geen tijd van pest of andere epidemieën, zoals in de 14de eeuw, of van godsdienst – of andere oorlogen, zoals in de 16de eeuw. De mensen in deze massagraven zijn waarschijnlijk aan dezelfde oorzaak overleden, maar het blijft onduidelijk aan wat. Uniek voor Vlaanderen en zelfs ver daarbuiten zijn de ‘knekelmuurtjes’ die aan de noordzijde van de kathedraal voorkwamen. Deze ‘muurtjes’ zijn opgebouwd uit dijbenen en scheenbenen, en de zones tussen deze constructies zijn opgevuld met schedels. Het botmateriaal dateert uit de 15de eeuw maar de ‘knekelmuurtjes’ zijn aangelegd in de 17de eeuw.
Toen moet men een reeks van oudere graven hebben geruimd en in een bijzondere constructie weer aan de bodem toevertrouwd. Over dit vreemde ritueel is evenmin iets bekend uit de geschreven bronnen. Ten slotte is er de intrigerende vondst in één van de noordelijke gebouwen van de religieuze site, de ‘Oude Sacristie’, die wellicht teruggaat tot de late 14de eeuw. In dit gebouw werden, net onder de vloer, de resten van 22 baby’s aangetroffen. Het gaat hoofdzakelijk om onvoldragen baby’s (foetussen): de jongste is rond het midden van de zwangerschapsperiode overleden. Alhoewel het gaat om ongedoopte kinderen, kregen die blijkbaar toch een (aparte) plek op het kerkhof. De begravingen dateren uit de tweede helft van de 15de eeuw en sluiten aldus aan bij de ‘kinderhoek’ op het parochiekerkhof. Het voorkomen van de kindergraven binnen de ‘Oude Sacristie’ doet de vraag rijzen of dit gebouw oorspronkelijk wel die functie had of misschien aanvankelijk als kapel was opgericht. Naast deze bijzondere begravingsvormen leverde ook de studie van de ‘gewone’ bijzettingen belangrijke informatie over de gezondheidstoestand, de levensverwachting, de begrafenisgewoonten, kortom het wel en wee van de vrouwen en mannen, én hun kinderen, in de belangrijkste parochie van het vroegere Gent. Alhoewel hun graven verstoord werden, is dit doorgedreven onderzoek het ultieme eerbetoon aan de stedelingen die de stad doorheen de eeuwen hebben opgebouwd.