Aan de noordzijde van de kathedraal werd een uitzonderlijk goed bewaarde bodem aangetroffen, die ouder is dan de eerste kerk en zelfs voorafgaat aan het ontstaan van Gent. Dat deze bodem niet verstoord is door de jongere graven van het parochiekerkhof, is uniek. Labo-analyses van de bodem maakte het mogelijk om de evolutie van het landschap en de vegetatie te reconstrueren vanaf de Nieuwe Steentijd (5.300-2.000 v. Chr.) tot de Romeinse periode (1ste -2de eeuw n. Chr.) én deze te koppelen aan het ontstaan van de stad. Tegen het einde van de ijstijd (14.650-11.650 jaar geleden) ontwikkelde zich op en rond de Zandberg een oerbos, dat duizenden jaren standhield. Rond ca. 2000 v. Chr. zijn er duidelijke aanwijzingen voor menselijke ingrepen: delen van het bos werden gekapt, de vrijgemaakte grond werd grasland voor veeteelt en mogelijk werd de bodem ook kortstondig bewerkt als akker. In de daaropvolgende perioden werd het landschap steeds opener door verdere ontbossing, voor de aanleg van meer grasland en akkers.
Vermoedelijk in de IJzertijd (800-57 v. Chr.) werd het landschap plotseling -in een periode van enkele dagen of weken- bedekt onder een dik pakket stuifzand, wellicht als gevolg van bodemerosie door overexploitatie van de bodem. Gedurende lange tijd was er geen landbouw meer mogelijk, waardoor de natuurlijke vegetatie zich kon herstellen. Dankzij intensieve bemesting konden in de Romeinse tijd opnieuw gewassen geteeld worden op deze locatie. Hoe het landschap eruit zag en evolueerde tussen de Romeinse periode en de bouw van de eerste Sint-Janskerk, die voor het eerst vermeld werd in de 10de eeuw, kon niet achterhaald worden, omdat bodempakketten uit die periode niet meer bewaard waren. De studie van deze prestedelijke bodem is uniek en biedt een uitzonderlijke mogelijkheid om de bodemontwikkeling in het historische centrum van Gent te onderzoeken, vanaf de prehistorie tot net vóór de prille stadswording. Het belang van deze vondst voor toekomstig onderzoek is dan ook moeilijk te overschatten.
Vanaf de bouw van de eerste Sint-Janskerk werd er druk begraven in en rond het gebouw. Het parochiekerkhof was minstens acht eeuwen in gebruik tot het op het einde van de 18 de eeuw werd opgegeven en delen van het kerkhof openbare ruimte werden. Tijdens de opgraving werden maar liefst 1057 goed bewaarde graven onderzocht. De oudste skeletten dateren uit de 11de -12de eeuw en lijken zich vooral in het zuidelijke deel van het parochiekerkhof te situeren. In die tijd was Gent, na Parijs, de grootste en belangrijkste stad ten noorden van de Alpen. De mensen die in deze periode op het parochiekerkhof bijgezet zijn, maakten deel uit van de stedelijke elite van Europa! De noordzijde van het kerkhof werd pas aan het eind van de 13de eeuw in gebruik genomen.
Opvallend is een speciale zone uit de eerste helft van de 15de eeuw, die gereserveerd was voor pasgeboren baby’s en jonge kinderen. Deze ‘kinderhoek’ ontstond na een ingrijpende herinrichting van (een deel van) het kerkhof, die historisch tot nu toe onbekend was. Ook opmerkelijk: één op de vijf mensen op het parochiekerkhof werd begraven in een gemeenschappelijk graf. Daarnaast konden ook zes ‘massagraven’ met hoofdzakelijk volwassenen onderzocht worden. De radiokoolstofdateringen tonen aan dat deze in de 15de eeuw te dateren zijn, de tijd waarin de gebroeders Van Eyck het Lam Gods schilderden. De doodsoorzaak van deze mensen in de gemeenschappelijke grafkuilen, is waarschijnlijk dezelfde. Maar wat deze dan was, blijft onbekend.
Uniek voor Vlaanderen zijn de zogenaamde knekelmuurtjes, die aan de noordzijde van de kathedraal ontdekt werden. Deze ‘muurtjes’ zijn opgebouwd uit dijbenen en scheenbenen; de zones daartussen zijn opgevuld met schedels. Het botmateriaal is afkomstig van 400 tot 600 mensen en dateert uit de 15de eeuw. De muurtjes zelf zijn aangelegd in de tweede helft van de 17de eeuw. Ze tonen aan dat men toen een reeks van oudere graven geruimd moet hebben en op een bijzondere manier herbegraven. Over dit ritueel is niets bekend uit historische bronnen.
Een andere intrigerende vondst situeert zich in één van de noordelijke bijgebouwen op de site. Het gaat om de ‘Oude Sacristie’, die wellicht gebouwd werd in de late 14de eeuw, en zich situeert langs de Kapittelstraat. Onder de vloer werden de resten van 22 baby’s aangetroffen, voornamelijk onvoldragen baby’s (foetussen). Omdat alleen levend geboren kinderen gedoopt konden worden en op gewijde grond bijgezet worden, kregen deze ongedoopte kinderen mogelijk een aparte plek aan de rand van het kerkhof. De vondst sluit aan bij de eerder genoemde ‘kinderhoek’ op het kerkhof en roept vragen op over de oorspronkelijke functie van het gebouw.
Naast deze bijzondere graven leverde ook het onderzoek van de ‘gewone’ bijzettingen veel informatie over de gezondheid, de levensverwachting en de begrafenisgewoonten van de stedelingen van Gent. Dit onderzoek biedt een ultiem eerbetoon aan de mensen die Gent hebben gemaakt tot wat het vandaag is.